Base de données de consultations de médecine générale

L’ÉQUIPE DE RECHERCHE ET SON PROJET

Work in progress

• Porteur du projet

Dr Juliette Chambe, PU-PH, chef de clinique de médecine générale. 1ère titulaire du poste au Département de médecine générale, nouveau, axé surtout sur pédagogie mais s'ouvre à la recherche, pas de structure de recherche pour le moment. Présente dans l’organigramme de l’Institut des Neurosciences Cellulaires et Intégratives (INCI UPR3212), Équipe 9: Lumière, rythmes et homéostasie du sommeil. Sa thèse porte sur l'insomnie. Juliette Chambe est en 4ème année de thèse, pause pour accouchement, puis reprise de la 5e année, aimerait pouvoir commencer à travailler sa bdd pour 2017.

• Membres de l'équipe de recherche et/ou projet

Dr Juliette Chambe

28 maîtres de stage (médecins généralistes)

13 internes pendant 3 semestres de novembre 2013 à avril 2015

• Projet de recherche

Il s’agit d’observer et d’enregistrer le déroulement de consultations de médecine générale. Lors du débrief, on repère les consultations qui ont mentionné des problèmes concernant le sommeil (sa qualité, son absence, etc.)

• Objectifs du projet

L'objectif principal du projet est de recueillir des données sur l'insomnie destinées à nourrir la thèse de Juliette Chambe. Dans un second temps, il s'agit de pérenniser ce projet de recueil de données en le renouvelant chaque année en changeant le thème. La base de données ainsi créée s'enrichirait chaque année de nouvelles observations et consultations enregistrées, et pourrait servir de base de travail à d'autres doctorants et chercheurs.

• Financement du projet

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• Type(s) et volume du corpus étudié

Chaque étudiant suivait 2 ou 3 praticiens sur 8 à 10 demi-journées. En moyenne 10 consultations par demi-journée, environ 80 à 120 consultations par interne, en tout 1100 consultations répertoriées.

LES DONNÉES DE LA RECHERCHE

• Types de données

Texte (fichiers Word et Excel) et audio (vérifier le format)

• Méthode de recueil des données

Deux types de grilles de saisie sont utilisées : une grille d’observation quantitative et une grille d’observation qualitative. La grille d'observation quantitative reprend la grille créée pour l'étude nationale ECOGEN en y ajoutant les prescriptions. Chaque consultation est anonymisée à la source grâce à au codage suivant :

NS 16-12-1 où NS = lettres représentant le médecin, mais pas ses initiales / 16-12 = date / 1 = 1ère consultation de la journée)

Ce code est repris pour coder le nom des fichiers audios.

La grille d'observation qualitative recueille les impressions de l'interne lors de la consultation.

• Métadonnées

Juliette Chambe et ses étudiants n'utilisent pas de standard de métadonnées spécifique. Cependant, la grille d'observation quantitative utilise le codage des symptômes et des procédures suivant la grille internationale ICPC 2 (international classification of primary cares), dont la version 3 va bientôt sortir (v1 1995, v2 2000). Base intéressante pour tags, très synthétique. Grille d'observation qualitative  notes

• Anonymisation des données

La grille utilisée pour l’étude anonymise le nom du patient et du médecin. Le problème réside dans les fichiers audios. Utilisation d’un logiciel qui change la voix (Garage Band et surtout Final Cut utilisés par JC) Problème : réversible ? Anonymisation assurée ? L'utilisation d'un logiciel de transcription de la voix est possible, mais le nom du patient, de membres de sa famille, ou du médecin sont parfois mentionnés pendant la consultation. Il faudrait corriger les transcriptions pour les expurger de tout détail permettant une identification directe.

• Périodicité actuelle de la mise à jour de la base

Les travaux étant pour le moment interrompus, la “base” est close.

• Volumétrie des données

Texte

1100 consultations en format Excel, 13 fichiers Word pour 13 internes (environ 150 consultations par interne) (à vérifier après congé mat)

Enregistrements audios

223 enregistrements audios, certains d'ordre général, certains portent spécifiquement sur l’insomnie.

• Stockage actuel des données

Sauvegarde sur plusieurs disques durs externes.

• Logiciels utilisés / à disposition pour créer / gérer les données de la recherche

Logiciels d'analyse qualitative

Nvivo (payant) et RQDA (gratuit) permettent de trier les données, analyses pour citations, mais les étudiants doivent d'abord fournir une première analyse papier avant d'utiliser les logiciels.

Logiciels de traitement audio

Garage Band et Final Cut

LA RÉUTILISATION DES DONNÉES

• Public concerné

Chercheurs, doctorants

• Données concernées

L'ensemble des données produites lors du projet.

• Utilisation(s) possible(s)

Il y a plusieurs angles possibles pour utiliser toutes ces données et elles pourraient servir de support à de nombreuses thèses.

Le Département de médecine générale, actuellement surtout axé sur la pédagogie, commence à faire de la recherche, mais n'a pas de structure de recherche propre. Juliette Chambe bénéficie du soutien des sciences humaines (Bonah) et des biostatisticiens du CHU (Nicolas Meyer). Un Master 2 est intéressé par sa méthode pour son étude (à préciser).

Thésard → accès au quanti ou au quali ou les 2.

Études possibles :

étude sur profil des médecins (age, sexe, secteur, mode d'exercice…),

deux premières minutes d'une consultation,

comment finit une consultation,

etc.

Idée de garder le timecode de l'audio.

LES DÉMARCHES EFFECTUÉES AVANT AOC

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LE CONTEXTE JURIDIQUE

• Éthique

Le comité d'éthique a accepté le projet en première lecture, sachant que les voix sur les enregistrements audios seraient déformées pour anonymisation.

• Données à caractère sensible (données privées, commerciales, médicales, etc.)

Juliette Chambe contacte les médecins généralistes pour expliquer le projet (mais pas le sujet d'étude, pour ne pas les influencer dans leur pratique) et obtient leur accord verbal. L'accord des patients est obtenu à l'oral (ni enregistrement, ni accord écrit). L'accord verbal porte sur l'utilisation des données pour l'étude ; le patient accepte la présence de l'interne lors de la consultation médicale, l'observation écrite et l'enregistrement (optionnel).

• Conventions de partenariat

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• Licences (degré d'ouverture des données, restrictions éventuelles)

Les données produites étant par nature sensibles, elles ne font et ne feront pas l'objet d'une exploitation en ligne. Juliette Chambe propose de placer les données sur un ordinateur hors ligne, installé dans son bureau et consultable uniquement sous sa supervision pour éviter tout risque de téléchargement des données sur support amovible.

• Droit d'exploitation et de reproduction d'images, sons, vidéos, etc.

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LA DÉFINITION DES BESOINS

• Ressources techniques (logiciels, stockage, visualisation de données, etc.)

Stockage des données

Les données doivent être stockées proprement et non plus sur disque dur externe. Sauvegarde sécurisée sur serveur en plus du stockage local sur un poste informatique ?

Création d'une base de données

Juliette Chambe a besoin, pour exploiter plus efficacement ses données, d'une base de données regroupant les deux grilles d'observation, les transcriptions des enregistrements et les enregistrements audios. Idéalement, elle souhaiterait pouvoir l'utiliser courant 2017.

• Ressources humaines

• Ressources financières

RÉFÉRENCES ET EXEMPLES EN LIGNE

Bibliographie

Classification internationale des soins primaires, M. Jarmoulle, Care éditions, ISBN 2-9600130-3-4

DOCUMENTS A TÉLÉCHARGER / ANNEXES

Grille internationale ICPC 2

Modèle de grille d'observation quantitative

Projet ECOGEN

Article sur le projet ECOGEN

Fiche aide-mémoire

Fiche de consentement d'enregistrement audio

Convention médecin investigateur

Présentation d'ECOGEN