Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- aoc:herbier [2016/06/21 09:38]
Stéphanie Cheviron [Les herbiers]
+++ aoc:herbier [2016/06/21 16:39] (Version actuelle)
Stéphanie Cheviron
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-===== Herbier de Strasbourg =====
+====== Herbier de Strasbourg ======
 **Synthèse des entretiens**
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   * **Dr Gisèle Haan-Archipoff**, maître de conférences en botanique et mycologie à la faculté de Pharmacie de l’université de Strasbourg (entretien le 24 mai 2016)
-En annexe : document remis par Michel Hoff détaillant les bases de données de l’Herbier
-==== Les herbiers ====
+===== Les herbiers =====
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-=== L’herbier de l’université de Strasbourg ===
+==== L’herbier de l’université de Strasbourg ====
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 Les types présents dans l’Herbier d’Alsace vont être numérisés dans le cadre du projet E-ReColNat.
-=== Projet E-ReColNat ===
+==== Projet E-ReColNat ====
 ReColNat est une TGIR constituée par les collections naturalistes françaises de plusieurs dizaines  établissements et institutions. [[https://www.mnhn.fr/fr/collections/programmes-partenariats/reseau-herbiers-france|E-ReColNat]] est la partie informatique de ReColNat. Le projet E-ReColNat (2012-2016) est l’un des 11 lauréats de l’appel à projets "Infrastructures Nationales en Biologie et Santé" du programme d’Investissements d’Avenir. Coordonné par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN) en partenariat avec l’Université Montpellier 2, le PRES Clermont-Université, l’Université de Bourgogne, l’IRD, l’INRA, le CNAM, Tela Botanica et Agoralogie, E-ReColNat a pour objectif de réunir l’ensemble des données des collections françaises d’histoire naturelle sur une même plateforme informatique, au service de la recherche et de l'expertise sur la biodiversité((http://www.ird.fr/toute-l-actualite/actualites/communiques-et-dossiers-de-presse/cp-2012/16-millions-d-euros-pour-e-recolnat-laureat-de-l-appel-a-projets-infrastructures-nationales-en-biologie-et-sante)).
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 Le MNHN utilise l’interface [[http://collections.mnhn.fr/wiki/Wiki.jsp?page=Jacim_Documentation|JACIM]]  développée en interne, pour saisir et consulter les bases de données. Le [[https://science.mnhn.fr/institution/mnhn/search/form|moteur de recherche]]  est multidisciplinaire (botanique, zoologie, etc.) ; les champs de recherche représentent le plus petit dénominateur commun aux différentes disciplines.
-=== Les Herbonautes ===
+==== Les Herbonautes ====
 [[http://lesherbonautes.mnhn.fr/|Les Herbonautes]], c’est le projet de redocumentation citoyenne des herbiers porté par le MNHN. La plateforme de crowdsourcing permet aux internautes de compléter la saisie des informations présentes sur l’étiquette de chaque planche numérisée. La saisie est ensuite validée ou corrigée par une équipe d’experts en botanique dont fait partie Michel Hoff.
-=== Tela Botanica ===
+==== Tela Botanica ====
 Le réseau [[http://www.tela-botanica.org/site:accueil?langue=fr|Tela Botanica]] contribue au rapprochement de tous les botanistes de langue française dans une éthique de partage des connaissances et de respect de l’homme et de la nature. Sa vocation est de favoriser l'échange d'informations, d'animer des projets grâce aux nouvelles technologies de la communication et de produire des données libres de droit au service de l'ensemble des botanistes.
-==== Les bases de données ====
+===== Les bases de données =====
-=== La base de données Herbier ===
+==== La base de données Herbier ====
 L’informatisation des herbiers a débuté en 1997. Plus de 90 000 spécimens sont enregistrés (informations textuelles). La base de données est disponible offline sur le poste de Michel Hoff, qui gère la base avec DBase / Foxpro pour faire des requêtes sophistiquées. Elle pose des problèmes de compatibilité avec celle du MNHN : Bérenger Dulac, informaticien au MNHN, ne peut pas l’intégrer pour le moment.
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-=== La base de données Collecteurs/botanistes ===
+==== La base de données Collecteurs/botanistes ====
 Cet inventaire présente les collecteurs et les collections, des informations d’ordre biographique, les principales dates et lieux de collecte des spécimens déposés à Strasbourg et leur appartenance à des associations et à des sociétés de botanique((http://herbier.unistra.fr/herbier-de-strasbourg/collecteurs-et-botanistes/inventaire-des-collecteurs-et-des-collections-de-lherbier-de-luniversite-de-strasbourg/)).
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 Création d’un moteur de recherche pour interroger cette base avec des champs tels que la localité, la date, la spécialité. Ces champs sont absents du site de Harvard.
-=== La base de données ANTHOS ===
+==== La base de données ANTHOS ====
 Le projet [[http://anthos.u-strasbg.fr:8080/catmaid/httpdocs/index.php|ANTHoS]] (Annotation Toolkit for Herbarium Specimens) permet la visualisation des planches d'herbier numérisées à très haute résolution, et rend accessible des collections accumulées depuis plus de 300 ans, et, jusque-là inconnues du public. La numérisation assure la préservation physique des collections, en évitant manipulations et envois des spécimens, tout en assurant le partage de celles-ci, via le web. La haute résolution et le traitement spécifique des images du système Anthos permettent l'examen détaillé et aisé des spécimens ainsi que leur annotation. La base de données associée offre de multiples possibilités de recherche.
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 Le site web devrait être modernisé et mis en relation avec les bases de données de l’Herbier, tout en gardant l’aspect collaboratif. De plus, l’IBMP ne pense pas être le porteur de projet le plus indiqué pour poursuivre la gestion de la base et souhaite passer la main à l’université.
-=== La base de données Etiquettes ===
+==== La base de données Etiquettes ====
 C’est un référentiel unique en Europe des autographes des collecteurs. Plus de 5000 étiquettes de l’herbier sont recensées à l’heure actuelle. La base de données, offline, ne comporte pour le moment que deux champs : le nom du collecteur/botaniste et une photographie de l’étiquette. Elle permet de comparer les graphies pour un même nom et d’attribuer correctement une planche à son collecteur.
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   * Relier la base Etiquettes à la base de données Collecteurs.
-=== La base de données Paysages d’Alsace ===
+==== La base de données Paysages d’Alsace ====
 Cette [[http://herbier.unistra.fr/alsace-flore-vegetation-et-paysages/paysages-et-flore-dalsace-et-des-vosges/|base]] recueille des scans d’images de localités, issues de livres tombés dans le domaine public. Les images, datant de 1820 à 1950, sont accompagnées d’une liste d’échantillons de plantes récoltées sur les lieux.
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 Ajouter une cartographie interactive.
-=== La base de données Collections ===
+==== La base de données Collections ====
 L’herbier général comporte plusieurs collections d’herbiers. Dans le cadre du recensement de l’herbier général, Michel Hoff effectue une reprise de toutes les collections pour estimer le nombre d’échantillons.
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 Création d’un moteur de recherche permettant une interrogation plus complète de la base que sur le site de Tela Botanica et mise en relation avec les bases Collecteurs et Etiquettes.
-==== Priorités : ====
+===== Priorités =====
   * Pérennisation des données saisies et numérisées par une sauvegarde sur les serveurs de l’université
   * Valorisation de l’Herbier par la mise en relation des différentes bases de données développées autour de l’Herbier de Strasbourg
+===== Annexes et documents à télécharger =====
+  * {{:aoc:dbd_herbier.pdf|Document remis par Michel Hoff}}
+  * {{:aoc:cr_herbier_aoc_06082016_final.docx|Compte-rendu de la réunion de valorisation de l'herbier (06/06/2016)}}

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