Aîné de huit enfants, Franz Balthasar von Lindern est né le 22 mars 1682 à Bouxwiller où son père était apothicaire .
Il fut élève du gymnase de Bouxwiller, puis fit ses études à Strasbourg chez le professeur Henninger, puis à Iéna. Il soutint sa thèse de médecine en 1708 et publia un traité d'ostéologie en 1710.
Il exerça comme médecin et publia plusieurs traités dont un manuel pour les sages-femmes ainsi que deux ouvrages savoureux à l'usage du grand public :
A l'époque les médecins étaient peu nombreux et leurs honoraires élevés, aussi la population avait recours soit à l'automédication, soit aux charlatans. Le livre (« stumme Doctor », médecin muet) constitue un vade-mecum pour les pauvres ou ceux qui étaient trop éloignés pour faire appel à un praticien. C'est pourquoi Lindern eut à coeur de publier ces ouvrages. Ces ouvrages étaient écrits en allemand, langue maternelle de l'époque, car le grand public ne lisait pas le latin.
Franz Balthasar von Lindern était également un botaniste émérite et fut un temps directeur du jardin botanique.
En 1728, il publia une flore d'Alsace, Tournefortius Alsaticus, amplifiée dans une nouvelle édition en 1747 sous le titre Hortus Alsaticus. Il y décrit 920 espèces phanérogames classées selon leur époque de floraison d'après Joseph Pitton de Tournefort (1656-1708), et provenant essentiellement de la région de Strasbourg et des environs de Barr, Mutzig et Bouxwiller. L'ouvrage était apprécié de Frédéric Kirschleger.
Franz Balthasar von Lindern s'éteint à Strasbourg le 25 avril 1755. Le texte funéraire de sa sœur mentionne qu'il était « illustre docteur en médecine et doyen bien méritant de la très louable faculté de médecine de Strasbourg ».